Das Museum wurde 1973 eröffnet. Es geht zurück auf die private Sammlung des Kunsthistorikers und Schriftstellers Dr. Karl Paetow (1903-1992). Seine Sammlung schenkte er der Stadt Bad Oeynhausen und richtete mit ihr in den Erdgeschossräumen der Paul Baehr-Villa am Kurpark das Deutsche Märchen- und Wesersagenmuseum ein, das er bis 1981 ehrenamtlich leitete. Seit 1982 steht das Museum zusammen mit dem Museumshof der Stadt Bad Oeynhausen unter hauptamtlicher wissenschaftlicher Leitung.

Die Schwerpunkte der Ausstellung lagen zur Zeit der Museumsgründung auf den Themen „Frau Holle“ und den Wesersagen. Ab und an fanden Sonderausstellungen statt. Die Sammlungen sind seither kontinuierlich und wesentlich erweitert worden.